За время работы гв. подполковника Филоненко в должности нач. штаба полк за отличные боевые действия награжден орденом Красного Знамени, получил 12 благодарностей в приказах Верховного Главнокомандующего Маршала Советского Союза тов. Сталина.
Из наградного листа: «…/гв. подполковник Филоненко/ обеспечил и организовал проведение 826 боевых вылетов по военным и промышленным объектам Восточной Пруссии, центральной Германии … и по окруженной группировке в Советской Прибалтике».
Приказом 18 ВА ВВС КА № 173/н от 13.07.1945 г. гв. подполковник Филоненко В. К. награжден орденом Александра Невского.
Источники: ЦАМО. Ф. 33. Оп. 690306. Д. 2594.